Felizmente existem várias formas de contornar o problema. A mais rápida, é utilizar o MacMouseWheel, do Pixel Breaker. Além de fácil implantação, é compatível com vários toolkits de integração com JavaScript.

É tão simples que nem colocarei código aqui, está tudo em poucas linhas no link acima. Basta incluir o JS no seu htmlwrapper, e na aplicação importar a classe estática, iniciando o único método público disponível. Voalá!

Uma dica dentro da dica: Para fazer a classe funcionar no Flex usando MXML, é necessário esperar pelo evento applicationComplete (e não o usual creationComplete) antes de iniciar a classe para que os handlers sejam alocados corretamente ao stage. Também é necessário trocar o caminho no parametro para refletir o stage atual da aplicação (Application.application.stage), já que os exemplos disponíveis no site são entendidos para uso no Flash.